在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平这之后3年，宇宙世纪0096年在工业殖民地工业7号上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密拉普拉斯之盒交给新吉翁的残党军袖章。另一方面，在亚纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·伯恩的少女。奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须阻止拉普拉斯之盒的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。一场围绕‘拉普拉斯之盒’的战争开始了。该段历史也被称为拉普拉斯之乱。拉普拉斯之盒内藏足以颠覆地球联邦的终极秘密，是毕斯特财团的发家之源。
