分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会哥哥爱德华穿过门来到真实世界公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国香巴拉的仪式，连接炼金术世界与现实世界的门被打开了。兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。
