前作主角・圆堂守所率领的日本代表队“闪电日本队”在FFI（Football Frontier International）世界大赛获得优胜的10年后，一位最喜欢足球的少年・松风天马因为憧憬圆堂等人的闪电十一人，于是进入雷门中学而加入雷门足球队。 不过那时受到社会高度评价而且人材辈出的足球队却已经消失而让足球完全腐败了。不知为何，全国足球被叫作“第五部门”的组织所控制，如果不依照他们的指示踢球就不能比赛。而“第五部门”的种子选手・剑城京介只以一人之力就将整个雷门足球队打得遍体鳞伤。于是他们为了找回十年前的足球精神，新雷门十一人们将要和成为雷门足球队教练的圆堂一起共同奋战！
