公元2195年，谜一般的兵器群木星蜥蜴突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面地球的各地均有被称为郁金香的母舰降落与此同时，重工NERGAL完成了实验战舰ND-001Nadesico的建设。即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场(DistortionField)防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了能力一流，不问性格的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点特殊性格的人。火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的Nadesico。其后明人虽然被聘请为Nadesico的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯（Aestivalis）进行战斗……本故事就讲述一班在ナデシコNadesico上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方
